Las líneas de investigación del Programa se basan en dos premisas. En primer lugar, las Facultad de Ingeniería y Tecnología de la Universidad Autónoma del Carmen cuenta con Profesores Investigadores con perfiles académicos en las disciplinas de Control Automático, Mecatrónica, Instrumentación y Control de Procesos, Robótica y Visión, Computación e Inteligencia Artificial. Los Profesores Investigadores forman parte de Cuerpos Académicos donde se cultivan LGAC( LINEAS DE GENERACIÓN Y APLICACIÓN DEL CONOCIMIENTO) sobre Control Neurodifuso, Control Lineal y No Lineal, Diagnóstico de Fallas en Sistemas Dinámicos, Procesamiento de Señales, Imágenes y Video, Telecomunicaciones Inalámbricas y por Fibra Óptica, Cómputo Científico y Cómputo Bioinspirado. Estos perfiles dotan al Núcleo Académico Básico con la capacidad de operación académica del Programa.
En segundo lugar, la industria instalada en la región (en tierra y aguas del Golfo de México) demanda profesionistas especializados en las áreas prioritarias para la industria petrolera y servicios relacionados. Además, atendiendo a los cambios previstos en la Reforma Energética, existe una demanda en el corto plazo de profesionistas especializados en sistemas mecatronícos (automatización y robótica, sistemas autónomos no tripulados, telecontrol, coordinación y sincronización).
Considerando ambas premisas y atendiendo la compatibilidad de los objetivos del plan de estudios, se definen las siguientes LGAC:
La formación de los estudiantes de maestría se organiza de acuerdo con políticas de posgrado institucional que giran en torno a la flexibilidad curricular con un firme acompañamiento de tutores. Este programa permitirá a los estudiantes desarrollar su trabajo de investigación de manera óptima, ya que su planta académica y su infraestructura están fundamentadas por la capacidad y la calidad de los profesores-investigadores participantes en el programa.